Pārtikas kvalitātes ūdeņraža peroksīds ir augstas efektivitātes un plaša spektra dezinfekcijas līdzeklis dezinfekcijas līdzekļu secībā. Tā kā tas pēc dezinfekcijas un sterilizācijas neatstāj kaitīgus atlikumus, tas ir kļuvis par drošu, zaļu un veselīgu pārtiku.
Pārtikā izmantojamā ūdeņraža peroksīda un tā atvasinājumu hidroksila molekulas var tieši iedarboties uz baktēriju ārējo strukturālo membrānu, iznīcinot baktēriju caurlaidības barjeru un iznīcinot materiāla līdzsvara sistēmu baktērijās un ārpus tām, kā arī izraisot nāvi. Ūdeņraža peroksīda brīvās hidroksilmolekulas var tieši reaģēt ar mikroorganismu olbaltumvielām un nukleīnskābēm, izraisot to struktūras iznīcināšanu un nāvi.
Pētījumi arī atklāja, ka ūdeņraža peroksīda sadalīšanās produkti var kavēt baktēriju enzīmu sistēmu un reaģēt ar aminoskābēm fermenta olbaltumvielu ķēdē.